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Snakemake Hackathon 2026
Veranstaltung |
Termin: 9.-13. März 2026
Ort: MDSI-Räumlichkeiten, Walther-von-Dyck-Str. 10, 85748 Garching
Der Hackathon ist ausgebucht, daher wurde die Anmeldung geschlossen. (Sollten in Zukunft Anmeldungen zurückgezogen werden, werden wir die Anmeldung möglicherweise wieder öffnen.)
Die detaillierte Tagesordnung finden Sie hier.
Ziele des Hackathons
Der Hackathon konzentriert sich auf Verbesserungen in mehreren Schlüsselbereichen, darunter:
- Dokumentation (für alle folgenden Punkte)
- Core code
- Plugins (Erweiterung der Kernfunktionalität)
- Wrapper (standardisierte kopierbare Regeln/Analyseschritte)
- Erstellung und Pflege von Workflows (Dokumentation, Tools)
Die Teilnehmer werden dies tun, indem sie:
- Lücken und Schwächen in der Dokumentation identifizieren
- vorhandene Fehlerberichte und Feature-Anfragen priorisieren
- neue Features konzipieren
- Pull-Anfragen für bestehende oder neu erstellte Probleme erstellen
Der Hackathon wird durch kurze Einführungsvorträge zu den verschiedenen relevanten Teilen der Codebasis ergänzt.
Organisatoren:
- Johannes Köster (Universität Duisburg-Essen, Snakemake lead developer)
- Lukas Heinrich (TUM)
- Christian Meesters (Universität Mainz, Snakemake core developer)
- Clemens Lange (Paul-Scherrer-Institut)
- Matthew Feickert (Universität Wisconsin-Madison)
- David Lähnemann (Universität Duisburg-Essen, Snakemake core developer)
Über Snakemake
Das Workflow-Managementsystem Snakemake ist ein leistungsstarkes Tool zur Erstellung reproduzierbarer und skalierbarer Datenanalysen. Durch die Verwendung einer für Menschen lesbaren, Python-basierten Sprache erleichtert Snakemake die Erstellung neuer und die Aktualisierung bestehender Analyse-Workflows. Dank sorgfältiger Designentscheidungen – wie dem Plugin-System zur Erweiterung der Funktionalität – kann es die Workflow-Bereitstellung nahtlos von einem Laptop auf Server, Cluster, Grids und Cloud-Umgebungen skalieren, ohne die Workflow-Definitionen zu ändern und unter Automatisierung der Bereitstellung der erforderlichen Software. Als endgültige Workflow-Ausgabe generiert Snakemake interaktive visuelle Berichte, die Ergebnisse und Datenherkunft zusammenfassen und leicht mit Mitarbeitern geteilt werden können.
Mit über einer Million Downloads auf Bioconda und durchschnittlich mehr als 12 neuen Zitaten pro Woche im Jahr 2023 hat sich Snakemake als Goldstandard für reproduzierbare Datenwissenschaft etabliert und bildet die Grundlage für zahlreiche hochkarätige Publikationen in verschiedenen wissenschaftlichen Disziplinen.