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Francesca Finotello: “Decoding tissue complexity via deconvolution of transcriptomic data”
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Gemeinsam organisiert von der Data Science in Systems Biology (DaiSyBio)-Gruppe und dem MDSI stellte Francesca Finotello, Associate Professor am Institute of Molecular Biology und am Digital Science Center (DiSC) sowie Leiterin der Computational Biomedicine Group an der Universität Innsbruck, moderne rechnergestützte Strategien zur Aufklärung der zellulären Zusammensetzung komplexer Gewebe vor.
Finotello ist Visiting Professor Fellow in der DaiSyBio-Gruppe von MDSI‑Kernmitglied Prof. Markus List und hielt den Vortrag im Rahmen des MDSI-Promovierendenprogramms. Sie erklärte, wie sich Deconvolution‑Methoden von frühen, immunfokussierten Werkzeugen hin zu flexiblen, durch Single‑Cell‑Daten informierten Ansätzen entwickelt haben, die in der Lage sind, vielfältige Zelltypen über verschiedene Gewebe und Krankheitskontexte hinweg zu unterscheiden. Einen besonderen Schwerpunkt legte sie auf das Tumormikromilieu, in dem die Integration von bulk‑RNA‑seq, Single‑Cell‑Daten und räumlicher Transkriptomik tiefere Einblicke in Immunzellinfiltration und Gewebearchitektur ermöglicht.
Zudem präsentierte die Wissenschaftlerin neue Entwicklungen aus ihrer Arbeitsgruppe, darunter omnideconv, ein Benchmarking‑Ökosystem für Deconvolution‑Methoden, sowie als besonderes Highlight rectangle, einen hochauflösenden Algorithmus, der die Genauigkeit verbessert und unbekannte Zellfraktionen effizient berücksichtigt.
Der Vortrag führte zu anregenden Diskussionen zwischen Forschenden aus Data Science, Biologie und Medizin und unterstrich die Bedeutung interdisziplinärer Ansätze für das Verständnis biomedizinischer Fragestellungen.
Ein herzliches Dankeschön an Francesca Finotello für die spannenden Einblicke und die inspirierenden Gespräche im Anschluss.